施公祠主要祭祀「清朝靖海將軍施琅」，對！就是那個打敗明鄭幫助清朝一統天下的施琅將軍。1684年剛建立時候其實是生祠，活著的時候就有廟囉，當時叫做「施將軍廟」，1843年改建的時候才正名為施公祠，原來的施公祠的位置落腳於現今澎湖醫院以東的地方，1914年該地徵收蓋澎湖醫院，施公祠於是才遷徙來到中央街現今位置。不過施公祠現在是有人居住的民家，所以平常是不對外開放參觀，大家不要想說找到施公祠一得意，就大搖大擺走進去參觀囉！